＜メリット＞
・黒字の会社の所得を赤字の会社の欠損と相殺できるため法人税額を減少させることが出来る
・繰越欠損金を早期に解消させることが出来る
・税額控除額を増加させることが出来るケースがある


＜デメリット＞
・申告自体が難易度が高く、事務負担が増加する
・一度開始すると、適用をやめることが困難
・グループ通算制度開始時に、通算子法人の欠損金が切り捨てられる可能性がある

​
​上述の通り、メリット・デメリットどちらもありますが、適切に運用すれば税負担を軽減させることが可能となります。